Sono al momento note, numerose malattie sessualmente trasmesse, provocate da diversi tipi di microrganismi come batteri, virus, protozoi e parassiti. Oltre queste, vi sono diverse infiammazioni generate da batteri patogeni, non necessariamente trasmessi per via sessuale, anche se un loro incremento può favorire la trasmissione di malattie sessualmente trasmissibili. Queste infiammazioni possono essere anche ricondotte ad alterazioni della normale flora microbica vaginale.